萃取设备在酶的双水相萃取中应用时可以有效的去除细胞碎片，同时也可以初步提纯所需的溶质。
细胞碎片的存在，对相比有明显改变，密度增加、细胞碎片常优先分配于下相，因此使下相粘度增加，一般95%以上的酶被萃取设备萃取到富含聚乙二醇的上相中，而把不溶物和可溶蛋白和其他杂质留在下相。但酶也并不是一定要分配在上层。
由于纯的酶很贵，作为成相聚合物不加以回收很不经济。然而萃取设备在酶的双水相萃取中应用可以很好的解决这个问题，利用较便宜的粗酶进行一定程度的水解，虽然水解会减低粘度，但仍然产生分子量在一定范围内的大分子。
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