离心萃取机磷脂的精制主要是从油脂精炼过程中产生的水化油脚中提取，提取所得的磷脂称浓缩磷脂，含磷脂在60%以上，其余组分为中性油、脂肪酸及其他杂质。如欲进一步精制，则可用丙酮为溶剂，将油和脂肪酸萃取出来，所得的磷脂均不溶于丙酮，故有丙酮不溶物之称。离心萃取机磷脂的精制萃取过程多用间歇操作，溶剂比为1，萃取至少2-3次，采用多级错流萃取。
对含有磷脂的萃余相，先用离心萃取机去除大部分丙酮，再用真空干燥除去残余的丙酮，最后红外杀菌消毒，即得磷脂，其中含丙酮不溶物90%以上。
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