制霉菌素的提取可利用萃取设备（中药提取设备）用甲醇、丙酮或正丁醇等极性溶剂萃取，在中等极性溶剂如醋酸丁酯中它的溶解度不大。pH对萃取无多大影响，宁愿选择对它稳定性最好的pH值，而不选择具有最大分配系数的pH值，一般在中性较稳定。所得粗制品选择沉淀法：用极性溶剂如甲酰胺、二甲酰胺、二甲亚砜得到浓的溶液，然后加入低级性溶剂即可沉淀。
萃取设备（中药提取设备）制霉菌素的提取工艺如图所示：
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